มิฮามะเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นวากาซะในอดีต ในยุคเอโดะ พื้นที่แห่งนี้เป็นส่วนหนึ่งของแคว้นศักดินาโอบามะ ต่อมาหลังจากการฟื้นฟูเมจิ พื้นที่แห่งนี้ได้ถูกจัดให้เป็นส่วนหนึ่งของอำเภอมิกาตะในจังหวัดฟูกูอิ เมื่อมีการจัดตั้งระบบเทศบาลสมัยใหม่ในวันที่ 1 เมษายน 1889 หมู่บ้านคิตะไซโง มินามิไซโง มิมิ และซันโต จึงถูกจัดตั้งขึ้น และได้มีการควบรวมหมู่บ้านทั้งสี่นี้เป็นเมืองมิฮามะเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ 1954

เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม 2004 ที่โรงไฟฟ้านิวเคลียร์มิฮามะ น้ำและไอระเหยร้อนที่ไม่มีกัมมันตรังสีได้รั่วออกมาจากท่อที่ชำรุด ส่งผลให้คนงานเสียชีวิต 5 คน และได้รับบาดเจ็บอีก 6 คน[3][4][5][6]